一、马德里注册的优点：
1、手续简便
商标申请人可仅通过向主管局提交一份申请而在多个被指定国同时获得商标保护，申请手续简便。
2、费用低廉
商标申请人在马德里所有成员国就一个类别申请商标注册所需的费用是逐一国家申请注册所需费用的1/12～1/11。
3、时间快捷
从国际注册日起，如果被指定国在规定的期限内（依照协定书为12个月，依照议定书为18个月）没有向国际局发出驳回通知，该商标将在该指定国自动得到保护。
马德里注册的缺点：
1、注册国家的局限性
马德里联盟成员国偏重于欧洲国家，一些同我国贸易联系密切的国家，诸如美国、加拿大及东南亚各国目前还不是成员国。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。
2、要求以国内申请/注册为基础
国际注册必须以国内商标申请/注册为基础。在《马德里协定书》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告；在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国家注册申请，因此，在申请的时间上有一定的限制。
3、注册效力的不稳定性
由于国际注册要求以国内申请/注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况又被称之为"中心打击原则"。
二、共同体注册的优点：
1、注册商标在共同体成员国保持整体效力：A、申请人通过提交一件共同体商标申请即可在欧共体15个国家得到对该商标的保护。B、共同体商标在任一成员国的使用将被视为在所有共同体成员国的使用。C、共同体商标的转让、变更或续展将在整个共同体成员国范围内发生效力
2、共同体商标注册费用较低
共同体商标申请注册费用比逐一国家注册的费用便宜的多，另外，共同体商标续展的费用也低得多。
共同体商标注册的缺陷：
1、共同体商标注册对商标的显著性要求很高，共同体15个成员国中只要一个成员国有人提出异议，且异议成立，将导致整个共同体商标注册被驳回。尽管该驳回商标可以转换为国家申请，且保留原共同体商标申请日，但申请人还须支付向每个国家的转换费用。因此，若选用商标的显著性不是很强，则不适合申请共同体商标注册。
2、在内部市场协调局申请共同体商标注册的时间较难确定，如果一切顺利，商标可能在一年内获得注册。然而，只要有一个国家提出异议，该商标就不能及时得到注册，解决异议需花费很长的时间，通常需2年左右时间。在15个国家中均无异议的情况很少见，因此，共同体商标申请往往在很长时间内不能获准注册。
相对来说，因非洲知识产权组织成员国并无自己的商标制度，所以并不存在逐一国家注册的可能性，只能通过非知组织注册。
因非知注册要求使用法语，对于国内的申请人来说，增加了申请注册的难度。
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